(一)、中國歷史上的醫療與社會(本所主題研究 )   

主持人:杜正勝

執行期限:86.7.1-89.6.30

(二)、軍隊控制與傳統中國的國家與社會(本所主題研究)  

主持人:黃寬重      

執行期限:86.7.1-89.6.30

(三)、台灣與中國東南沿海文化關係的考古學考察和研究(II)(本院東南亞區域研究之一 )

主持人:陳仲玉      

執行期限:87.7.1-88.6.30

(四)、台灣考古遺址資料庫網路化計畫(III)(本院人文社科綜合計畫子計畫)    

主持人:劉益昌    

執行期限:87.7.1-88.6.30

(五)、台灣漁業史編纂計畫(IV)(台灣省漁業局委託 )    

主持人:祝平一      

執行期限:87.7.1-88.6.30

(六)、歐亞草原動物文飾在中國-考古文物所見民族文化交流之研究(國科會補助)      

主持人:杜正勝      

執行期限:86.8.1-89.7.31

(七)、華夷變革與東亞世界秩序--高麗與宋遼元明朝之關係(國科會補助)      

主持人:黃寬重    執行期限:87.5.1-88.4.30

(八)、古代世界中之暴力:中國、埃及、兩河流域之比較研究 (國科會補助)      

主持人:蒲慕州      

執行期限:87.8.1-88.7.31

(九)、清人社會生活:以刑案口供為中心的探討(III)(國科會補助 )     

主持人:劉錚雲     

執行期限:87.8.1-88.7.31

(一○)、清官難斷家務事-宋代的家庭糾紛(I)(國科會補助)  

主持人:柳立言、陶晉生

執行期限:87.8.1-88.7.31

(一一)、思潮變遷的社會條件:以明清思想史為例 (國科會補助)  

主持人:王汎森      

執行期限:87.8.1-88.7.31

(一二)、揚州的社會與文化:十六至十九世紀 (國科會補助)    

主持人:李孝悌       

執行期限:87.8.1-88.7.31

(一三)、中國中古時期的道教與醫療文化之關係(II)(國科會補助)    

主持人:林富士    

執行期限:87.8.188.7.31

(一四)、漢唐之間的母親 (國科會補助 )    

主持人:李貞德       

執行期限:87.8.1-88.7.31

(一五)、由戶律田宅門律例演變看明清政府對經濟物質的法律規範 (國科會補助 )     

主持人:邱澎生       

執行期限:87.8.1-88.7.31

(一六)、甲骨文字編(II)(國科會補助)       

主持人:李宗焜    

執行期限:87.8.1-88.7.31

(一七)、台南科學工業園區道爺遺址未劃入保存區部份搶救考古(台南科學工業園區開發籌備處委託) 

主持人:臧振華       

執行期限:85.10.5-90.1.31

(一八)、陽明山國家公園大屯山區遺址研究 (陽明山國家公園管理處委託)       

主持人:陳仲玉       

執行期限:87.2.9-87.11.30

(一九)、台東縣史前遺址及內涵範圍研究 (台東縣政府委託 )

主持人:劉益昌    

執行期限:87.6.1-88.5.31

(二○)、淡水河北側沿河快速道路工程文化遺址試掘補充調查評估(昭淩工程顧問公司委託 )  

主持人:李匡悌       

執行期限:87.8.1-88.2.28